Linh miêu tai đen có liên hệ chặt chẽ nhất với beo vàng châu Phi (Caracal aurata),[6] và có khả năng tách ra từ dòng dõi linh miêu đồng cỏ trong vòng cuối 5 triệu năm trước, khoảng thời điểm phân tách giữa hai thời kỳ Pliocene và Pleistocene.[7] Trong quá khứ, linh miêu tai đen được phân loại hoặc thuộc chi Lynx[2] hoặc thuộc chi Felis. Song, hiện nay, bằng chứng nghiên cứu phân tử gần đây hỗ trợ quan điểm loài này thuộc chi đơn ngành.[1]